اعتمد الإمام الطبري في تفسيره على عدة مصادر رئيسية، أهمها القرآن الكريم نفسه، ثم السنة النبوية، ثم أقوال الصحابة والتابعين، بالإضافة إلى الاستدلال باللغة العربية والشعر لفهم دلالات الألفاظ.

ويتميز منهجه بالجمع بين الرواية والدراية، مع الترجيح بين الأقوال بالأدلة، مما جعل تفسيره من أكثر التفاسير اعتمادًا في بيان معاني القرآن، ويُعد نموذجًا واضحًا في المنهج التفسيري القائم على الاستدلال العلمي المنضبط.